黄宪达教授研究主要集中在计算生物、生物信息、基因组学、宏观基因组学、智能生医科技（药物设计、基因检测、精准医疗）、生物数据库设计与开发等领域。团队所开发的 MicroRNA数据库（miRTarBase），目前为国际认可汇集最完整资料之微小RNA生物数据库，已广为全世界科学家所使用，其中主要为来自美国、中国、日本、德国、与英国等，相关论文被引用次数达万余次以上，黄教授的研究在生命科学与生物医药领域有重大影响。

目前，黄教授致力于中草药分子层次《本草纲目》平台的建设，为实现辅助中草药精准化医疗平台的应用创造了条件，并将其应用于药物设计关键毒理与药理评估，助力新药开发。

至今，共计发表超过180篇国际知名学术期刊论文，其中 SCI Impact Factor 超过10.0 以上者达60余篇。H-index=68，总引用次数超过20,000次， 近5年>14,495次 (Google Scholar)；在Web of Science 中有 15篇 Highly Cited Papers (10年间被引用次数前 1% 的文章)，多篇高被引论文被引用次数为同学科的前1%，对于miRNA-干细胞药物研发项目极具影响力。